熊本県には、広大な干潟を有し生産力が豊かな有明海、内湾性と外洋性の特徴を併せ持つ八代海そして有明海、八代海と繋がる外洋型の天草灘があります。このため、人工的に育てた稚魚を海に放流して、海の持つ豊かな生産力を生かしながら資源を増やし、合理的に漁獲するという「栽培漁業」を進めることに適しています。
昭和40年に熊本県は、天草郡（現在、上天草市）大矢野町に県営の「水産種苗センター」に設置し、既設の水産試験場牛深分場と共に本格的な種苗生産技術に着手し、マダイ、ヒラメ、クルマエビ、アワビ等の稚魚の量産技術を開発してきました。
昭和59年７月に、行政、漁業団体が一体となって栽培漁業を推進するため、県と39の沿岸市町、72の漁業団体により「財団法人 熊本県栽培漁業協会」が設立されました。その後、平成23年3月に、熊本県知事から公益財団法人の認定を受け、同年4月に「公益財団法人 くまもと里海づくり協会」と名称を変更しました。
当協会は、生物多様性に配慮しつつ、水産動植物を種苗生産・育成・配付を行い、その放流効果を検証して、県民に広く啓発・普及することにより、県民への水産物の安定供給と海洋環境の 保全に取り組んでいます。また、新しい放流魚種や種苗生産技術の開発等に取り組むとともに、漁業協同組合等が行う放流の指導、教育機関等が主催する児童を対象とした体験放流等を支援し、熊本県における「里海づくり事業」を推進しています。
